Церковь "Краеугольный камень" (Новосибирск) была основана в 2002 году командой миссионеров в составе пяти человек во главе с пастором Белокопытовым Тимофеем. Команда выехала в город Новосибирск после обучения в Миссионерском тренировочном центре в г. Ачинске в церкви «Прославление». Первые собрания церкви проходили на квартирах. Была основана монастырская община для людей, находящихся в алкогольной и наркотической зависимости. Господь прилагал спасаемых, церковь росла.
В 2003 году еще одна команда миссионеров поехала в Новосибирск и были начаты собрания в Академгородке.
6 мая 2005 года было принято решение о регистрации местной религиозной организации, входящей в структуру централизованной религиозной организации Ассоциация христиан веры евангельской «Церкви веры», которая в свою очередь является членом Российского объединенного Союза христиан веры евангельской (пятидесятников)
22 июля 2005 года решение о государственной регистрации Местной религиозной организации Церковь христиан веры евангельской «Краеугольный камень» г. Новосибирск было принято Управлением Федеральной регистрационной службы по Новосибирской области.
1 августа 2005 года сведения о государственной регистрации внесены в государственный реестр юридических лиц. С этого дня церковь является юридическим лицом.
18 января 2006 года погиб пастор церкви Белокопытов Тимофей. Это было тяжелое время. Но мы, шли вперед, поддерживая друг друга, и, уповали на Бога.
В июне 2006 года церковь возглавил старший пастор Объединения церквей «Краеугольный камень» Сергей Непомнящих.
8 октября 2008 года пастором церкви рукоположен Василий Доценко. Он руководит церковью по настоящее время.
На протяжении этого времени церковь переживает бурное развитие, еженедельно проходит 12 богослужений по Новосибирской области. Церковь активно занимается миссионерской деятельностью, развитием духовного и нравственного восстановления граждан, уделяет особую роль институту семьи и развитию детей и молодежи. В церкви проходят Классы духовного роста, Библейские курсы, "Школа поклонения", на которой служат всемирно известные лидеры прославления.